Bối cảnh chuyện đặt trong những năm 2013. Được nuôi dạy như người thuộc tầng lớp ưu tú nhất từ năm 2 tuổi, 1 cậu bé tên Shion sống trong 1 khu vực đặc biệt được gọi là No.6. Trong đêm sinh nhật thứ 12 của mình, cậu cứu được 1 cậu bé tự xưng là “Nezumi”(Chuột). Nezumi đang tìm cách trốn thoát khỏi Khu Vực An Ninh Đặc Biệt (Special Security Area) của thành phố. Kể từ giây phút đó, cuộc đời của Shion đã thay đổi mãi mãi…
Kemurikusa là một câu chuyện hành động khoa học viễn tưởng của các cô gái chiến đấu với những sinh vật bí ẩn được gọi là "Mushi" trong một thế giới bao phủ bởi sương mù đỏ.
Một cặp vợ chồng của các nhà khoa học đã bị bắt vì tiến hành các nghiên cứu bất hợp pháp, được cho là đã thực hiện việc sửa đổi gen trên năm đứa con của họ. Cậu bé Dannis, là người duy nhất lớn lên như một con người bình thường, và đã trở thành thành viên duy nhất trong gia đình cố gắng tìm một loại thuốc để biến chúng thành người bình thường trở lại.
Yanagi Yukito là một cô nhi - một hôm trời quang mây tạnh, cô đã gặp được một gã đệ tử kỳ dị của cha mình. Người đàn ông lạ lùng đưa cậu đến quê hương của mình trên đảo Ayakajima, gồm 7 hòn đảo với những sinh vật bí ẩn được gọi là "Mitama" và cũng tại đây được đồn đại cho rằng có rồng sinh sống.
Để cứu mẹ, cậu bé tốt bụng và người bạn daemon nhỏ bé bắt đầu cuộc hành trình khắp Nhật Bản thời hậu tận thế khi các thế lực đen tối bám sát họ.