Một phần bộ phim kể về cậu bé Ayumu bỗng dưng gặp những điều lạ lùng trong kì nghỉ hè của mình tại ngôi làng Tana dân dã – nơi mà lúc nhỏ Ayumu đã từng sống. Tại đây, cậu bé đã gặp một cô gái tên Miku, một người khá là bí ẩn và có vẻ biết rất nhiều điều
Vào giữa thế kỉ 21, động đất và ảnh hưởng của sự nóng lên toàn cầu đã phá hủy Nhật Bản. Đất nước này đã trở thành một khu rừng lớn nhất thế giới để hấp thụ CO2 do thứ thuế carbon cản trở sự phục hồi của nó. Một số người sống cuộc sống sung túc trong dự án thành phố Atlas, trong khi số còn lại ở bên ngoài với nền kinh tế lạc hậu. Trước sự bất công xã hội càng lúc gay gắt, Kuniko phải dẫn dắt người dân của cô ấy đến Atlas. Thế nhưng ẩn bên trong miền đất hứa Atlas này là gì.
Câu chuyện lấy bối cảnh tại thành phố Neo Tokyo năm 0051 G.C. (Galaxy Century). Đã nửa thế kỷ trôi qua kể từ khi nhân loại bắt đầu cuộc sống ngoài vũ trụ. Con người đã đạt được công nghệ định vị với tốc độ ánh sáng, và đã xây dựng cuộc sống trên những hành tinh cùng với người ngoài hành tinh.
Trong tưong lai rất xa, con người rời bỏ trái đã hoang tàn để chuyển đến một nơi gọi là "Thiên Đàng". Nhưng Thiên đàng đã bị sụp đổ sau một cuộc chiến tranh, buộc con người quay trở lại trái đất. Tuy nhiên, trái đất lúc này đã trở nên cực kỳ khắc nghiệt. Chỉ còn một phần nhỏ đất đai gọi là "Cực Đông" mà con người có thể sinh sống. Trước tình hình đó, con người đã tạo ra một thế giới song song tại đây để dân chúng tiếp tục an sinh. Tuy nhiên, thế giới này cũng bị va chạm với thế giới thật và sụp
Trong một thế giới chuộng vẻ bề ngoài, một học sinh cấp ba lạc loài sống cuộc sống hai mặt bằng cách thay phiên dùng hai cơ thể có ngoại hình đối lập hoàn toàn.