Một trò chơi thẻ bài mới kết nối các vũ trụ song song và những thẻ bài đặc biệt đóng vai trò như các cánh cổng đưa quái thú tới Trái Đất để chúng trờ thành chiến hữu với con người. Cùng chiến hữu là quái thú rồng Drum Bumker, cậu bé Gao Mikado vượt qua rất nhiều thử thách chiến đấu và đối đầu với các thế lực xấu xa
Truyện kể về nhân vật Tsukumo Yuma là thần bài trong tương lai, kế thừa sự nghiệp của 3 đàn anh đi trước như Muto Yugi; Yuki Judai; Fudo Yusei. Yuma là 1 cậu bé vụng về, hậu đậu nhưng có 1 ý chí khiến mọi fan xem yu-gi đêề khăm phục đó là luôn muốn “Chinh phục được bầu trời cao”. Trước sự thử thách vô cùng lớn đó Yuma cùng với 1 người bạn của anh là Astral ( Người có liên quan đến những lá bài Numbers) sẽ có đi đến được chân trời xanh không?
Khi tôi đến, tôi nhận ra mình đang đứng giữa một nơi rộng lớn, 1 đồng bằng tuyết Tôi không biết và làm thế nào tôi đã có. Và thêm vào đó, tôi không thể nhớ bất cứ điều gì, ngay cả tên của tôi. Tôi đứng đó, chết lặng. Nhưng sau đó, một con quái vật khổng lồ đột nhiên xuất hiện, một sinh vật côn trùng bắt đầu phóng vào tôi
Lấy bối cảnh thời chiến quốc Nhật Bản (Sengoku Jidai) bắt đầu tử khoảng giữa thế kỷ 15. Sau khi hợp lực đánh bại Quỷ Vương Nobunaga ở phần 1 , Date Masamune-Độc Nhãn Long vùng Oushuu lại một lần nữa tái đấu với với Sanada Yukimura-Tiểu Hổ vùng Kai.
Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.