The Angelic Guard, who call the heavens their home, have been tasked with collecting the orbs scattered across the world. Lucifer—a leader of the Angelic Guard with a rebellious streak, said to wield power rivaling the Almighty—carries out her duty along with Uriel, also a leader of the guard.
Kano Kyosuke đã từng sống dưới bóng của Seisuke, người anh trai thành công của cậu ấy, trong bóng đá. Chán nản cậu trở về Nhật bản và lèm quen với những người bạn mới, rồi dần tìm lại được niềm vui trong bóng đá.
Năm U.C 0087, 7 năm sau One Year War. Titan, một tổ chức tập trung tất cả tinh túy của Earth Federation được thành lập nhằm tiêu diệt những thế lực chống đối. Tuy nhiên Titan sớm trở nên mất kiểm soát, thi hành những chính sách tàn bạo với cả Trái Đất và không gian. Để chống lại Titan, những người dân bất mãn, thành viên cũ của Zeon và cả những người lính Federation tập hợp lại và thành lập tổ chức Anti-Earth Union Group hay AEUG. Một cuộc chiến mới đã bắt đầu.
Năm 60 trong thế kỷ tương lai, hầu hết loài người đã bỏ lại trái đất bị ô nhiễm và tiến vào không gian để sinh sống. Để ngăn chặn chiến tranh, các colony đã thống nhất đồng ý tổ chức Đấu Trường Gundam để bầu ra colony đại diện cầm quyền những colony còn lại trong bốn năm tại một thời điểm.
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.