Ngày nọ, một cô nữ sinh cấp ba ngồi trong lớp học cùng những học sinh khác và giáo viên, đột ngột cả lớp bị cuộc chiến giữa Anh Hùng và Quỷ Vương ảnh hưởng khiến ai nấy đều chết. Linh hồn họ được chuyển về thế giới của Anh Hùng và Quỷ Vương, ai nấy đều sống một cuộc đời mới.
Câu chuyện diễn ra tại trường tiểu học Heavenly Host, nơi đã bị hủy hoại nặng nề sau những vụ giết người và mất tích của một vài nhân viên và học sinh trong trường. Vào thời điểm câu chuyện bắt đầu, một trường khác là Học Viện Kisaragi đã được xây lên ở vị trí của trường tiểu học cũ. Một đêm, khi mà nhóm học sinh từ Kisaragi đang kể chuyện ma thì một trận động đất bất ngờ đã đưa tất cả đến một không gian khác, nơi mà trường tiểu học Heavenly Host vẫn còn tồn tại và đang bị ám bởi linh hồn của
3x3 Eyes là câu truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Pai là một Sanjiyan Unkara sống sót cuối cùng, và một Wu mới của cô- một bạn đồng hành bất tử-Yakumo, họ quyết hi sinh để làm cho Pai trở thành một con người để mà cô có thể quên đi quá khứ. Yakumo thì có thể chết lần với lòng trung thành của mình để bảo vệ Pai và sẽ chết khi cô chết, vì họ gặp và chạm trán nhiều tay sai của con quỷ Kaiyanwang, tất cả điều đó nhằm giết Pai và để chuyển sức mạnh của cô vào hắn và hắn sẽ trở nên bất diệt
Những Con quái vật bí ẩn xuất hiện và tấn công và những người và Tại sao những con quái vật xuất hiện để tấn công người ...? Sousuke Banba, một nhà khoa học, tìm kiếm sự thật và đây là hồ sơ về những cuộc gặp gỡ với các sinh vật khổng lồ.
5 năm trước, hầu hết dân làng Ootsuka đã phải chết vì một cơn bệnh dịch. Nhưng thật thần bí, có 3 người đã sống sót: 1 nữ 2 nam. Họ hiện đang sống tại một nhà thờ tách biệt với thế giới bên ngoài nhằm thoát khỏi sự truy sát của kẻ thù. Đặc biệt thay, Shino, một trong 3 người sống sót đã có được quyền năng của Murasame, thanh kiếm linh hồn. Thế nhưng, cuộc sống yên bình của họ đã kết thúc khi mà Tòa Thánh đã rắp tâm muốn chiếm đoạt Murasame