Hai cô gái đang được huấn luyện để trở thành Miko tại đền Tema : Matoi Sumeragi và Yuma Kusanagi. Matoi Sumeragi sống với ông bà từ khi cô còn nhỏ , đến năm thứ hai của trường trung học cơ sở khi cuối cùng cô cũng đã có thể sống với cha mình. Matoi khao khát được sống một cuộc sống đơn giản
Truyện xoay quanh nhân vật chính Boku (nghĩa là “tôi”) và kẻ giết người bí ẩn mà cậu gặp. Cậu luôn cố gắng tránh xa những rắc rối thế nhưng cậu luôn là người bị cuốn vào. Đến cuối cùng cậu chợt nhận ra mọi cố gắng của mình đều vô nghĩa
Tại năm 2014, Minimum Holder là những người được phát hiện sở hữu siêu năng lực. Nice và Murasaki - các Minimum Holder - là thành viên của một tổ chức thám tử mang tên "Hamatora" tọa lạc tại Nowhere Café ở Yokohama. Tuy nhiên, khi Thanh Tra Art yêu cầu họ giúp đỡ trong phi vụ điều tra kẻ sát nhân hàng loạt trong khu vực, bộ đôi quyết định sẽ tham gia khi biết được rằng mục tiêu của kẻ sát nhân này chính là các Minimum Holder.
Miyako Arata là một viên chức vừa được phân công đến bộ phận “ Quan hệ khu vực ban đêm “ . Bộ phận này được thành lập khắp 23 quận của Tokyo, mục đích là để giảm thiểu những vụ việc liên quan đến hiện tượng dị thường, kỳ bí.
Maebara Keiichi chuyển đến sống tại làng Hinamizawa thanh tịnh và nhập học vào một ngôi trường tổng hợp tất cả các khối lớp. Cậu là thành viên nam của một clb toàn nữ. Tưởng chừng như đó là một cuộc sống học đường đầy niềm vui, Keiichi vô tình phát hiện ra một sự thật thần bí bị che đậy bởi bạn bè cậu và ngôi làng. Vụ giết người hàng loạt Hinamizawa.