Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
câu chuyện được đặt trong một thế giới mà nhân loại, đuổi ra khỏi đất của mối đe dọa của các loài côn trùng bọc thép huyền diệu, hiện đang sống tại các thành phố nổi trên không. Pháp sư chiến đấu như vậy, trình thuật trên không-người chống lại côn trùng có quyền hạn huyền diệu-ra đời
Ninja tưởng chừng như đã bị tiêu diệt sau Thế chiến thứ 2 nhưng thực ra họ vẫn còn tồn tại cho đến ngày nay, chỉ là không thực hiện nhiệm vụ công khai mà thôi.
Một hòn đảo nhân tạo ở Vịnh Tokyo — Kyokutou Houreigai Tokubetsu Chiku (Đặc khu Viễn Đông), thường được gọi là 24-ku (Phường 24).
diễn ra trong các đô thị theo phong cách cyberpunk của thành phố Neo Saitama. Sau khi vợ và con của mình bị giết trong một cuộc chiến tranh giữa các ninja, Kenji Fujikido, đã bị ám ảnh bởi một linh hồn ninja bí ẩn được gọi là Naraku Ninja.