Học sinh năm hai Hikari Tsutsui là một "2D otaku" thứ thiệt, bị thu hút bởi thế giới 2D trong những quyển sách và thiết bị của cậu. Một tai nạn kỳ quái đã đưa cậu vào một mối quan hệ với Iroha Igarashi xinh đẹp và những ngày cậu bị cô bạn gái làm phiền bắt đâu. Hãy cùng Hikari lội qua những con sóng để đánh bay cái otaku ra khỏi cậu.
Hinako Nakayama đã trải qua cả cuộc đời mình được nuôi dưỡng trong các trại trẻ mồ côi của nhà nước mà không hề biết gia đình cô. Khi cô ấy bước vào trường trung học, Hinako được tiếp cận bởi Hikaru, một cậu bé tự nhận là người anh em sinh đôi của mình. Theo Hikaru, Hikaru và Hinako là những đứa trẻ của người đứng đầu gia đình Onigashima yakuza hùng mạnh
Câu chuyện tiếp nối ngay sau kết thúc phần một. Harima sau khi trở về Nhật, vẫn tiếp tục thích Tenma nhưng nỗ lực bày tỏ tình cảm của cậu ta đều dẫn đến nhiều tình huống dở khóc dở cười. Lễ hội văn hóa gần kề và có những tin đồn quanh mối quan hệ giữa Harima và Yakumo. Câu chuyện cứ thế tiếp diễn xoay mòng mòng giữa các nhân vật quen thuộc của phần trước với những tình huống đầy hài hước và không kém phần ý nghĩa.
Trong những hoạt động ngầm nguy hiểm của thành phố Academy là linh lực gia cấp 5 Accelerator. Anh có thể tiêu diệt bất cứ ai nhờ năng lực của mình, năng lực này cho phép anh tạo ra một trường mỏng của mục tiêu xung quanh anh và chi phối véc tơ của bất cứ thứ gì anh chạm vào. Suốt cuộc đời của Accelerator, anh luôn là đối tượng bị tấn công, do đó, anh mất niềm tin vào con người và chỉ tin vào sức mạnh.
Câu chuyện xoay quanh một chiến đội tập hợp những anh hùng trẻ tuổi bảo vệ Trái Đất khỏi sự xâm lăng của một giống loài ngoài hành tinh hung ác có tên “Kisei Mushi”. Chúng có ý định rút cạn năng lượng tình dục của nhân loại.